菌核病是我国向日葵种植区发生最广，为害最重的真菌病害。症状主要表现为两种，一为立枯型，幼苗期为害茎基部，也叫根腐型；二是烂盘型，花期为害花盘，也叫烂头型。病害无论发生在茎还是花盘上，都会造成褐色水浸状软腐，潮湿环境下会长出白色絮状菌丝，因此也称白腐病。
茎部的腐烂会影响到养分运输，使叶片由下向上逐渐变黄、枯萎甚至脱落，最终使整个植株枯死或遇风雨倒伏。花盘腐败，使籽粒不能成熟，籽仁腐烂或籽烂自行脱落，受害种子变苦，品质变坏，并影响发芽率。
病害发生后期，病菌的白色菌丝密集形成菌核，病菌就以土壤、病残组织及种子中的菌核越冬，在土壤中一般可存活2～5年。第二年在向日葵出苗和幼苗期，菌核萌发，以菌丝侵染，形成立枯；菌核还可以长出6~7厘米长的子囊盘柄，将一种叫做子囊盘的繁殖器官送出地表，能产生子囊孢子，经风雨传播，侵染花盘，造成花盘腐烂。通常，多雨年份，特别是七八月份连阴雨天气，发病十分严重。排水不良的低洼地，种植过密，通风透光不好和重茬或迎茬地块发病率也较高。
防治向日葵菌核病首先要注意实行轮作倒茬和清除病残体。提倡向日葵与小麦、玉米等禾本科作物轮作，避免与豆科、茄科连作。轮作年限至少3～5年。秋收时尽量清除秸秆，刨出根茬并深翻10厘米以上。
其次是化学防治。包括用2.5％适时乐种衣剂包衣处理，药与种子的比例为1∶50或用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种4小时；防治立枯型可用速克灵可湿性粉剂每亩1公斤拌适量砂土，结合播种均匀撒入播种机开沟内；田间发病初期用速克灵或菌核净对水逐株灌根防治，每穴2～3两药液，每隔7～10天灌防一次，至少两次。防治烂盘可用40%纹枯利（菌核净）800倍～1000倍液、乙烯菌核利或50%速克灵500~1000倍液、50%甲基硫菌灵（甲基托布津）1000倍液喷雾或多菌灵500倍液在盛花后间隔7天，连喷2~3次。
另外种植抗病品种、进行覆膜种植、变等距为大小垄种植、调节播期、建设无病留种基地、实行统一供种也有一定的防治效果。